Применение минеральных удобрений вызывает изменение видового состава микроорганизмов почвы, что приводит к снижению ферментативной активности почвы и уменьшению выделения органических соединений корневой системой растений. Это может вызвать депрессию почвенных животных и активизацию токсинообразующих микрогрибов. Внесение извести не спасает положение, а приводит иногда к увеличению заражённости почвы возбудителями корневой гнили. Минеральные удобрения вызывают сильную депрессию почвенных животных: ногохвосток, круглых червей и фитофагов.